Remonter l’arbre généalogique du coronavirus pour dater son apparition

Pour la Chine et chaque pays touché par le Covid-19, la date des premiers cas est claire. Mais le virus pourrait avoir circulé plus tôt, comme le montre son « arbre généalogique » génétique.

Fièvre, toux, détresse respiratoire… Mi-janvier, Aïcha, secrétaire médicale de 57 ans, est hospitalisée à Marseille, avec une maladie respiratoire aiguë.

Son mari Jacques, lui-même médecin, décrit à l’AFP « tous les signes cliniques d’un Covid », y compris la perte du goût et de l’odorat.

« Si elle avait fait ça mi-février, personne ne se serait posé la question », poursuit Jacques. A l’époque, la France n’avait rapporté aucun cas de Covid-19.

Sa femme enchaîne rechutes et tests non concluants. « Les radiologues disent: +quand on voit le scanner, c’est le Covid, mais quand on voit les dates, on se pose des questions+. Les pneumologues, eux, disent: +c’est pas si simple+ », lance Jacques qui témoigne pour sa femme, trop faible.

Aïcha pourrait-elle avoir été un cas précoce ?

« On peut dater le début de l’épidémie en utilisant des données d’incidence (vitesse de propagation) et en étudiant les génomes des virus. Dans les deux cas, en France, les études identifient la deuxième quinzaine de janvier », indique à l’AFP Samuel Alizon, directeur de recherche au CNRS à l’université de Montpellier.

Mais « il est possible qu’il y ait eu des cas isolés en janvier, avant le premier cas officiel le 24 janvier ».

Images of #COVID19 released by #USA science agencies. — Images: John Saeki, AFP#CoronaVirusUpdate #CoronavirusNYC#CoronaVirusUK#CoronaVirusCanada #CoronavirusFlorida #CoronavirusFlorida #CoronaVirusIndonesia

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— Digital Journal (@digitaljournal) March 2, 2020

Aux Etats-Unis, des autopsies pratiquées en Californie sur des décès suspects ont révélé des infections avant le premier cas officiel le 21 janvier.

« Des semaines avant »

Pour affiner la date d’arrivée du virus, dans de nombreux pays les scientifiques recherchent des « patients zéro » hypothétiques, séquençant le génome du virus pour reconstituer son « arbre généalogique ».

Selon des chercheurs italiens, le virus serait entré en Lombardie entre la deuxième quinzaine de janvier et début février, « des semaines avant » que le premier foyer épidémique y soit confirmé autour du 20 février.

Des joueurs de l’Inter de Milan ont-ils pu en être victimes dès janvier ? L’attaquant belge Romelu Lukaku s’interroge.

« Nous avons eu une semaine de congé en décembre puis nous sommes revenus au travail et je jure que 23 joueurs sur 25 étaient malades », a-t-il dit récemment à la radio. « Nous n’avons pas fait les tests Covid-19 à l’époque: nous ne saurons jamais ».

Même si des tests sérologiques identifiaient des anticorps dans leur sang, ça ne prouverait pas la date de contamination.

« On ne peut généralement pas faire remonter à un point précis dans le temps le +début+ d’une épidémie dans un pays précis », explique à l’AFP Erik Volz, épidémiologiste à l’Imperial College à Londres.

Les études montrent « un début de l’épidémie au plus tôt mi-janvier ou début février dans beaucoup de villes européennes et nord-américaines », ajoute-t-il, assurant qu’il n’y a « aucune preuve dans les données génétiques actuelles d’une épidémie plus précoce, en dehors de la Chine ».

 Novembre ou décembre 2019?

Le 31 décembre, Pékin a informé l’Organisation mondiale de la Santé d’un foyer de pneumonies d’origine inconnue à Wuhan, premier épicentre de l’épidémie.

Pour les premiers cas les autorités sanitaires de Wuhan parlent du 8 décembre. Une étude publiée dans The Lancet évoque l’identification d’un premier patient le 1er décembre.

Les diverses études phylodynamiques –qui analysent les variations génétiques du virus–, ne contredisent pas ces dates.

« Les données vont dans le sens d’une origine probable de l’épidémie en novembre ou en décembre 2019 », indique le Dr Volz.

Un rapport de l’Imperial College en collaboration avec l’OMS fait ainsi remonter « l’ancêtre commun » du virus au 5 décembre (avec une marge d’incertitude entre le 6 novembre et le 13 décembre).

« Un nouveau virus circule sans être détecté »

Andrew Rambaut, de l’Université d’Edinbourg, conclut à un ancêtre commun datant du 17 novembre (marge entre le 27 août et le 29 décembre).

« C’est normal qu’un nouveau virus circule sans être détecté pendant des semaines avant d’être découvert », souligne le Dr Volz.

A ce jour, les génomes de plus de 15.000 virus Sars-Cov-2 ont été séquencés, permettant de tracer sa circulation grâce à son évolution génétique.

A chaque fois qu’il se réplique, le virus produit des mutations (aucune n’ayant modifié sa virulence).

« De temps en temps, par hasard, des mutations se fixent », explique Samuel Alizon.

Pour le Sars-Cov-2, « on compte en moyenne deux mutations par mois qui se fixent » alors « si vous comparez deux virus, vous pouvez compter combien de mutations les séparent », poursuit-il. En remontant la chaîne, on trouve l’« ancêtre commun à toutes les infections ».

Un ancêtre qui se trouvait en Chine. « Tous les virus qui circulent dans le monde descendent des lignées » proches de Wuhan, insiste le Dr Volz.